明清时期形成了许多推拿流派、包括点穴推拿流派、一指禅推拿流派，内功推拿流派等。
点穴推拿流派是以点法和按法为主要手法，在有关经穴、奇穴、特定穴和特定线路上进行操作，达到防治疾病目的的推拿流派。其代表人物有明代的异远真人、清代的赵廷海。而清代王文口授的《推按精义》中记载的补、泻、调、压、推、拨、分、扣、按9种基本手法属于脏腑点穴推拿流派。
一指禅推拿流派系清代同治年间由太医李鉴臣传于扬州丁凤山，该流派最主要的基本手法是一指禅雏法，再加按、摩、拿、搓、抄、滚、捻、缠、揉共10法组成，后李氏又增加了摇、抖2法，演为12法。该流派手法的特点强调以柔和为贵，但应柔中寓刚，刚柔相济。
内功推拿流派是在锻炼“少林内功”的基础上，结合临床治病的经验逐渐形成和发展起来的。流传于北方，至清末传至山东济宁李树嘉，此时该流派已形成一套独具特色的完整的治疗方法。此后，又由李氏传于同乡马万起。该流派最主要的手法是擦法（又称平推法），其余还有五指拿法、扫散法、推桥弓法、掌击、拳击、棒击法等。手法的特点是要求在操作时刚劲有力、迅捷连贯，该手法应用时有一套“常规操作法”，并主张时将手法治疗和病人自我锻炼少林内功相结合。