对清洁度较差或外购的种蛋，每立方米用42ml福尔马林加21g高锰酸钾，在温度20-26℃，相对湿度60%-75%的条件下，密闭熏蒸20分钟。为了节省用药量，可在蛋盘上罩塑料薄膜，以缩小空间。在入孵器里进行第二次消毒时，每立方米用福尔马林28ml、高锰酸钾14克，熏蒸20分钟。
注意事项：
①种蛋在孵化器里消毒时，应避开21-96小时胚龄的胚蛋。
②福尔马林与高锰酸钾的化学反应很剧烈，又具有很大的腐蚀性。所以，要用容积较大的陶瓷盆，先加少量温水，再加高锰酸钾，最后加福尔马林。注意不要伤及皮肤和眼睛。
③种蛋从贮存室取出或从鸡舍送孵化场消毒室后，在收壳上会凝有水珠，应让水珠蒸发后再消毒，否则对胚胎不利。
④福尔马林溶液挥发性很强，要随用随取。如果发现福尔马林与高锰酸钾混合后，只冒泡产生少量烟雾，说明福尔马林失效。