导致休眠的内因主要有：
1.种皮坚硬致密以及具有蜡质、油脂层，不易透水、透气，因而种子不能发芽。
2.种胚发育不完全。
3.种子或种实的外部形态虽然已表现出形态成熟的特征，但种胚并未发育成熟，胚还要发育一段时间才能成熟。
4.含有抑制物质。如脱落酸、脱水醋酸、香豆素、乙烯、氰乙烯、芥子油以及某些酚类、醛类、阿魏酸、有机酸和生物碱等等均抑制种子萌发。
综合因素的影响。对于某一树种来讲，种子休眠的原因，可能是一种或多种因素所造成的。