银行对账单上的余额与民间非营利组织银行存款日记账余额会发生不一致的原因有：
（1）记账错误，如民间非营利组织在几家银行同时开户，记账时可能发生银行之间串户错误；同样银行也可能把各存款民间非营利组织账目相互混淆。
（2）未达账项，所谓未达账项，即民间非营利组织与银行之间，由于凭证传递的时间差，造成一方已登记入账，而另一方尚未登记入账的款项。它有四种情况：一是单位已经收款入账，而银行尚未收款入账；二是单位已经付款入账，而银行尚未付款入账；三是银行已经收款入账，而单位尚未收款入账；四是银行已经付款入账，而单位尚未付款入账。