单胃动物对蛋白质的消化主要靠消化道分泌的蛋白酶消化分解的。饲料中蛋白质在胃中经盐酸和胃蛋白酶的作用，部分蛋白质被降解为含氨基酸数量不等的各种多肽和少量的游离氨基酸，这些多肽、氨基酸和未被消化的蛋白质一起进入小肠，被小肠分泌的胰蛋白酶等进一步消化为游离氨基酸和少量的寡肽，未被胃和小肠消化的蛋白质进入大肠，在大肠内微生物的作用下，分解为氨基酸、氨气等，微生物可利用部分氨基酸合成微生物蛋白质，但最终这些物质以粪的形式排出体外。
小肠是单胃动物吸收游离氨基酸的主要场所，同时也可吸收一定量的寡肽；哺乳动物初生后24小时内可依赖胞饮吸收方式直接吸收初乳中完整的免疫球蛋白，以获得抗体免疫功能。