A.生态背景调查 根据生态系统的空间和时间尺度特点，调查影响区域内涉及的生态系统类型、结构功能和过程。以及相关的非生物因子特征（如气候、土壤、地形地貌、水文及水文地质等），重点调查受保护的珍稀濒危物种、关键种、土著种、建群种和特有种，天然的重要经济物种。如涉及国家级和省级保护物种、珍稀濒危物种和地方特有物种时，应逐个或逐类说明其类型、分布、保护级别、保护状况等；如涉及特殊生态敏感区和重要生态敏感区时，应逐个说明其类型、等级、分布、保护对象、功能区划、保护要求等。即：a基本生态因子调查；b生态系统调查。
B.重要敏感生态保护目标调查；主要生态敏感保护目标包括：自然保护区、风景名胜区、世界文化和自然遗产地、饮用水水源保护区；基本农田保护区、基本草原、森林公园、地质公园、重要湿地、天然林、珍惜濒危野生植物天然集中分布区、重要水生生物的自然产卵场及索饵场、越冬场和洄游通道、天然渔场、资源性缺水地区、水土流失重点防治区、沙化土地禁封保护区、封闭和半封闭海域、富营养化水域。

水文地质条件调查、环境水文地质问题调查、地下水污染源调查、地下水环境现状监测、环境水文勘察与试验五个部分。