基因表达的主要控制元件有启动子、核糖体结合位点、转录终止信号等。 启动子：原核启动子约55bp，分为起始点（start site）、结合部位、识别部位。起始点：转录起始部位以+1表示，转录的第1个核苷酸常为嘌呤---G，A。结合部位：约6bp组成，是高度保守区，共有序列为5’-TATAAT-3’ ，位于起始点上游-10。因Tm低，DNA易解开双链，为RNA聚合酶提供场所。识别部位：约6bp组成，在-35处，为高度保守区，序列5’-TTGACA-3’， s因子识别此部位。
真核启动子于-25处含AT富集区， 共有序列为TATAA（TATA box），-70处含共有序列CAAT ，还含许多其它box ，例如 GC box，E-box等。含增强子（enhancer）和静息子（silencer）    RNA polⅠ和 RNA polⅢ与聚合酶Ⅱ所识别的启动子差异较大。
核糖体结合位点：在大肠杆菌等原核生物mRNA的核糖体结合位点上，含有一个转译起始密码子及同16S核糖体RNA 3，末端碱基互补的序列，即SD序列，而真核基因则缺乏此序列。
转录终止信号：在一个基因的3’端或是一个操纵子的3，端往往还有一特定的核苷酸序列，它有终止转录的功能，这一DNA序列称为转录终止子（terminator）。原核生物终止信号在结构上有一些共同的特点，即有一段富含A/T的区域和一段富含G／C的区域，G／C富含区域又具有回文对称结构，这段终止子转录后形成的RNA具有茎环结构。根据转录终止作用类型，终止子可分为两种，一种只取决于DNA的碱基顺序；另一种需要终止蛋白质（p因子）的参与。
真核生物转录终止序列，在3’端之后有共同序列AATAAA及多个GT序列，mRNA在转录终止序列处被切断。

3.2×10⁵。