因磨损、酸蚀或龋等较重的刺激，使小管内的成牙本质细胞突起逐渐变性、分解、小管内充满空气。在透射光显微镜下观察时，这部分牙本质呈黑色，称为死区。此区的敏感度减低，常见于狭窄的髓角。死区的周缘常有透明牙本质围绕，其近髓端则可见修复性牙本质。

在牙纵剖磨片中见根部牙本质透明层的内侧有一层颗粒状的未矿化区，称托姆斯颗粒层。

位于管周牙本质之间。其内胶原纤维较多，基本上为I型胶原，围绕小管成网状交织排列，并与小管垂直，其矿化程度较管周牙本质低。