将毛细管的进样端插入装有试样溶液的试管中，试样管中插入电极与检测端的缓冲液间施加进样电压，并维持一定时间，试样溶液在电泳和电渗流作用下进入毛细管，然后再将试样溶液换成载体缓冲液，电泳即将进行。
毛细管进样端插入试样溶液容器，通过进样端加压，或检测端出口减压，或调解进样端试样溶液液面大于出口端缓冲液液面高度，利用虹吸现象，使进样口端与出口端形成正压差，并维持一段时间，试样在压力作用下进入毛细管进样端，再把进样端插入缓冲液槽处，进行电泳。