当前，我国公共财政管理已具雏形，但受计划型财政管理模式的影响，仍存在许多问题。
A.公共财政管理尚未得到全社会足够的重视。将公共财政管理片面理解为财政权力关系的明确过程，忽视其管理的深刻内涵，运用现代公共财政管理技术的热情不高。
B.预算管理与经济社会发展存在矛盾。我国目前仍普遍采用基数法，经历史积累，已经不能真实反映实际情况。
C.公共收入管理不尽合理。税收征管成本偏高，征税行为存在不规范、不廉洁、低效率问题；税费没有科学区分，政府收费各类繁多，随意性大，不利于公共收入稳定增长；公债管理权过度集中，地方政府没有举债权，只能通过担保形式融资，使地方财政潜在风险增大。
D.公共支出管理亟须规范。公共支出没从竞争性领域退出，政府投资营利性企业大量存在，政府采购缺乏统一操作规范。
E.公共财政管理法律制度不健全。法律缺失使有效的公共财政管理失去了重要支撑。
完善措施。
A.完善预算管理。进行绩效预算改革。加强预算立法监督。
B.加强公共收入管理。推进税费改革，保进政府收费规范化，科学运用公债工具，建立体制健全、分配科学、征管有力的公共收入管理制度。
C.改革现行公共支出管理制度。确定公共支出的合理领域和重点，调整公共支出结构，在竞争性领域退出同时，加大教育、科文卫等投入。大力推广完善国库集中收付、政府采购制度。
D.加强对公共财政管理的审计监督。制定政府会计准则，推行政府会计制度，提高财政透明度。
E.健全公共财政管理法律制度。
F.注重信息技术在公共财政管理中的运用。结合电子政府建设，实现公共财政管理信息化。
G.加快公共财政管理专业人才培养。