企业总体战略是相对企业长远（全面）发展的（规划）目标；而职能战略则是围绕某一领域（管理）采取的战略措施；前者是关系到一个企业长期发展的要求，是方向。后者是局部，是发展的保障。
职能战略与总体战略的主要区别有三点：
（1）、期限：职能部门的策略用于确定和协调短期的经营活动，它的期限较短，一般在一年左右。职能部门策略较短的原因：
一是职能部门管理人员可以根据总体战略的要求，把注意力集中于当前需要进行的工作上；
二是职能部门管理人员可以更好的认识到职能部门的当前的经营条件，及时的适应已经变化的条件，相应的做出调整。
（2）、具体性：企业战略位企业的生存和发展确定了目标，指明了方向。企业总体战略是笼统的，欠精确的，职能部门的策略要比总体战略更加具体，更加精确，更加明确。总体战略为企业指出了一般性的战略方向，而职能部门的策略则位负责完成年度目标的管理人员提供了具体的指导，使他们知道应该实现年度目标。另外，具体的职能策略还可以增强职能部门管理人员实施战略的能力。
（3）、职权与参与：企业高层管理人员负责制定企业长期经营目标和总体战略，职能部门的管理人员在总部的授权下负责制定年度经营目标和部门策略。这些策略最后要得到总部的核准。职能部门的管理人员参与制定职能策略，可以更加自觉的实现自己的年度经营目标和职能策略所需要进行的工作，从而增强他们实施战略的责任心。