目前采用的灭酶方法主要有以下几种：
（1）热磨法（康乃尔法）：大豆在15～30℃下用0.2%的NaCO₃
浸泡处理4～8h，然后取相当于大豆重量5倍的沸水，加0.05%NaCO₃，进行热水磨浆，磨浆后保持温度80℃以上，维持时间10min，钝化脂肪氧化酶的活性。
（2）热烫法：使用沸水对整粒大豆进行处理灭酶
（3）伊利诺伊法：将热磨法和强制均质化法结合而成的一种方法。将浸泡好的大豆加热煮沸钝化酶活性后，经过锤式磨、辊轧机破碎后中和pH至7.1，于90℃、25MPa均质化处理即可。
（4）半干湿法：大豆经过烘干脱皮后，先用高压蒸汽进行瞬间干热处理灭酶，然后立即加入85℃热水进行磨浆。
（5）干热—挤压蒸煮法：大豆经过破碎去皮后，先用干热钝化酶，然后将其含水量调整到15%～20%进行蒸煮处理。
（6）低pH下的粉碎—蒸煮法：在pH1.00～3.85的酸性环境下磨碎大豆，然后再经蒸汽热处理进一步钝化酶的活性，最后用NaOH中和到pH6.7～6.8即可。
（7）高频电子法：这种方法是利用蛋白质和酶等大分子物质在高频电子作用下，肽链的原始结构会被破坏，大分子肽减少，小分子肽增多，小分子肽更容易溶于水，这样酶被破坏。