鸡球虫的发育过程包括孢子生殖、裂殖生殖和配子生殖三个阶段。卵囊随粪便排出体外，在合适的温度和湿度条件下，经一定时间发育为成熟的孢子化卵囊，每个孢子化卵囊内含4个孢子囊，每个孢子囊内含2个子孢子。孢子化卵囊随饲料、饮水等进入鸡的消化道内，在胃肠消化液的作用下卵囊壁破裂，子孢子释出，侵入其寄生部位的肠上皮细胞，进行裂殖生殖；各种球虫的裂殖生殖代次不同，经数代裂殖生殖后，最后一代裂殖子侵入上皮细胞进行配子生殖，形成大配子体和小配子体，进一步发育形成大配子和小配子，大、小配子结合生成合子，合子进一步成熟形成卵囊排出体外。卵囊在外界合适的温度和湿度条件下，进行孢子发育，卵囊内形成4个孢子囊，每个孢子囊内再形成2个子孢子，这时的卵囊称为孢子化卵囊，这种孢子化卵囊具有再次侵入宿主的能力。球虫发育过程中的裂殖生殖阶段和配子生殖阶段在宿主上皮细胞内进行，因此又称为内生发育，而孢子发育在宿主体外进行，又称为外生发育。
各种抗球虫药连续使用一定时间后，都会产生不同程度的抗药性。通过合理使用抗球虫药，可以减缓抗药性的产生、延长抗球虫药的使用寿命，而且可以提高防治效果。
对肉鸡常采用下列两种用药方案来防止抗药性的产生：
穿梭用药：即在开始时使用一种药物，至生长期时使用另一种药物。常常是将化药和离子载体类药物穿梭应用。
轮换用药：合理地变换使用抗球虫药，在不同的季节使用不同的抗球虫药，或不同批次的鸡应用不同的抗球虫药。