我国卫生体制改革不成功的主要原因有以下几点：
（1）改革和发展模式选择中过分重视经济增长：由于对包括医疗卫生事业在内的各项社会事业在国家经济和社会体制中的地位和作用认识不清，所以在国家全面的改革展开后，在相当长时间内都不能明确对各项社会事业发展的思路，对受到经济体制改革严重冲击的传统医疗卫生体制特别是医疗保障体制，只是被动地修修补补，以维持局面。社会主义市场经济体制改革的目标提出以后，医疗卫生体制改革虽然被提上议事日程，但是在改革的目标设定上也存在明显的偏差。由于更多的是服从于其他体制改革的需要，结果将医疗卫生体制改革视为一种工具性政策，忽视了其服务于保护公众基本健康权利目标的重要性。
（2）对医疗卫生事业的特殊性缺乏清醒的认识：医疗卫生事业所提供的卫生产品和卫生服务，都是公共物品和准公共物品，这与一般企业所提供的私人物品有明显的不同，政府必须承担各类公共物品的供给。而在卫生事业改革中，政府没有对此形成清晰的认识，选择了一条过度市场化的改革道路，实际上是政府放弃自己的责任。政府企图通过鼓励创收来实现医疗服务机构的自负盈亏，就偏离了医疗卫生服务于社会的大目标，也违背了医疗卫生事业发展的基本规律和要求。此外，将医药生产流通企业视同一般的生产企业，放弃了必要的监督和规制，也是一个明显的失误。
（3）社会其他领域的改革对医疗卫生事业发展的影响：其中最突出的是财政体制改革的影响。20世纪80年代实行多种形式的财政分级包干体制以后，政府的医疗卫生事业发展责任逐级下移，地方财政成为政府投入的主要责任方。但是地区间经济发展水平和地方财政能力上存在很大差距，使得不少落后地区缺乏发展医疗卫生事业的基本能力，以致出现了一些极端错误的改革和发展方式。90年代分税制改革以后，中央财力有了很大增强，但却没有把建立有效的转移支付制度提上日程。另外，医疗卫生事业管理体制上的条块分割，也导致了改革方向和目标上的不协调、不统一问题。
（4）卫生事业市场化改革中既得利益群体的影响：在前一阶段医疗卫生体制的市场化改革中，既得利益群体主要是部分医疗服务机构和从业人员，以及部分享受较高医疗保障待遇的社会成员。由于信息不对称、谈判能力的差别，以及其他体制缺陷因素的存在，在一些地方和领域，既得利益群体实际主导了改革方向，这是导致合理的改革措施难以推行、医疗卫生事业发展逐步偏离合理方向的一个现实的重要因素。