第一类内含子的剪接反应需要一个鸟嘌呤核苷或核苷酸辅因子，这一辅因子并不是被作为能源使用，而是直接参与反应的催化。剪接反应是第一步中鸟苷的3￠-羟基作为亲核基团，与内含子5￠-末端形成一个正常的3￠，5￠-磷酸二酯键。这一步中5￠外显子的3￠-羟基被释放出来，然后作为亲核基团在内含子的3￠末端进行同样的反应。导致内含子的切除，及外显子的连接。
第二类内含子的剪接模式与第一类剪接反应的差别，是在第一步中的亲核基团是内含子内部的一个腺苷酸残基的2-羟基，而不是外源的辅因子。这步反应中产生一种不寻常的分叉套索样中间体。
第三类也是最大的一类内含子，通过同样的套索机制进行剪接。然而，它们的剪接需要特殊的叫做剪接体（spliceosome）的RNA-蛋白复合物发挥作用。
在一些tRNA中发现的第四类内含子与第一、二类不同，它们的剪接需要ATP提供能量，由内切核酸酶水解内含子两端的磷酸二酯键，两个外显子随即被连接起来，连接反应与DNA连接酶的连接机制相同。