异位生物修复主要包括堆肥法、生物反应器处理、厌氧处理。
（1）堆肥法（composting）是处理固体废弃物的传统技术，被用于受石油、洗涤剂、多氯烃、农药等污染土壤的修复处理，取得了很好的处理效果。堆肥过程中，将受污染土壤与水（达到至少35%含水量）、营养物、泥炭、稻草和动物肥料混合后，使用机械或压气系统充氧，同时加石灰以调节pH。经过一段时间的发酵处理，大部分污染物被降解，标志着堆肥完成。经处理消除污染的土壤可返回原地或用于农业生产。堆肥法包括风道式堆肥处理、好气静态堆肥处理和机械堆肥处理。
（2）生物反应器处理（bioreactor）是把污染物移到反应器中完成微生物的代谢过程。这是一种很有价值和潜力的处理技术，适用于处理地表土及水体的污染。生物反应器包括土壤泥浆生物反应器（soil slurry bioreactor）和预制床反应器（prepared bed reactor）。
（3）厌氧处理对某些具有高氧化状态的污染物的降解，如三硝基甲苯、多氯取代化合物（PCBs等）等，比耗氧处理更为有效。但总的来说，在生物修复中好氧方法的使用要比厌氧方法广泛得多。主要原因是，严格的厌氧条件难于达到，厌氧过程中会产生一些毒性更大、更难降解的中间代谢产物。此外，厌氧发酵的终产物H₂S和CH₄也存在毒性和风险。