种蛋的消毒方法有：
福尔马林熏蒸法
按照每立方米空间，用15克高锰酸钾加入40%的甲醛30毫升，将种蛋置于容器内熏蒸30分钟。
紫外线照射法
安装40瓦紫外线灯管，离蛋面约一米高，辐射10-15分钟，即可达到消毒的目的，并可以提高种蛋的孵化率。
高锰酸钾浸洗法
浓度为万分之二，保持40℃水温，将种蛋浸洗1~2分钟，取出滤干，即可入孵。
抗菌素溶液浸泡法
先将种蛋加温至38℃左右，经过6~8小时，放入已经配好的万分之五的土霉素或链霉素溶液中，浸泡10~15分钟。取出沥干，即可入孵。
新洁尔灭喷洒法
取5%的新洁尔灭原液一公斤，加水50公斤，即配成千分之一的浓度的溶液，用喷雾器喷洒在种蛋的表面即可。