机床两轴的垂直度是建立在各自的直线度的基础上的，直线的误差会在垂直度测量时反映出来，数值叠加的结果使垂直度测量失实失准，所以是首先保证各自的直线度，再保证互相的垂直度。
两轴的垂直度完全取决于中托板上的两组导轨的垂直度，装配时是把一组导轨固定在基准上，测量并调整待另一组导轨与基准垂直后，再行固定并配打销钉孔，从而把中托板上两组导轨的垂直度固定下来。这个装配和测量过程，即要追求操作的稳妥有效，还应该有意把精度提高一档，这个中间工艺指标的控制是非常重要的，因为不管是装机，修理或一段时间的实效，都会使这个精度变差，如果初始安装就把允许的误差值用足，那以后的精度就会超值失准了。比如某机床精度标准为0.02，则首次装配时的内控精度应是在0.012以下。重要部位的首装严控和销钉镙钉稳妥有效，加之导轨本身的平直精准，两轴的垂直度就有保证了。
如同直线度一样，丝杠的工作状态也是影响垂直度的重要因素。与导轨定位面成一定夹角的任何一个外力，都将造成导轨的异动，因为导轨只是导轨，并没有夹死。所以一旦发现X、Y轴的垂直度超标，要认真判断是导轨自身的形变或错位造成的还是丝杠的运动干扰的。如果是导轨的导向作用所致，分别在几个位置使丝杠和丝母重复松开再紧固的适配过程，其超标的方向和数值应大体稳定的。如果是丝杠和丝母运动的干扰所致，将失去方向和数值的规律性。千万不可盲目把导轨的固定松开，把销钉拨掉，失去判断的任何操作都是无益的。一旦导轨的固定松开销钉拨掉，就必须重复前面所述首次装调的全过程。
任何测量调整都必须在导轨运动平稳之后再进行，如果突跳和无规律的扭摆，那是导轨太脏或异物，要坚决拭净润滑之后再进行调整，这是必须牢记的。