传统的区域分工理论具有一些明显的局限，概而言之主要有：
（1）传统的区域分工理论都是通过假定其它因素一致的情况下讨论区域分工的原因的，忽视了区域分工影响因素的复杂性。任何理论都是思想抽象化的结果，都是建立在一定的假设基础之上，而因不可避免地带有一定的局限性，区域分工理论当然也不例外。
（2）传统的区域分工理论忽视了制度这一重要因素的影响。在现实中，制度规则及其变迁方向、交易费用、产权安排都会对区域分工产生重要影响，特别是在特定制度背景下这些因素对区域分工具有决定性影响。
（3）传统的区域分工理论忽视了个体理性与集体理性的矛盾，其理论结论都有一个基本的假设前提，即区域关系只能是和谐的竞争关系与合作关系，区域竞争是在完全竞争的市场中进行的，区域经济主体不存有“有限理性”问题。
（4）传统的区域分工理论的一个基本结构是区域分工必然带来区域利益的增进。
（5）传统的区域分工理论不能说明为什么有的区域积极参与分工，而有的区域没有参与分工的积极性或被排斥在区域分工体系之外。
总之，现有的区域分工理论无论是在假设方面还是在结论方面都存在一些局限。但这不表明以前的理论成果对区域关系不能提供帮助。