基本原理：首先将已知的特定顺式作用元件构建到最基本启动子（Pmin）的上游，把报告基因连接到Pmin下游；然后将编码待测转录因子cDNA与已知酵母转录激活结构域融合表达载体导入酵母细胞，该基因产物如果能与顺式作用元件相结合，就能激活Pmin启动子，是报告基因得到表达。
应用：确定某个DNA分子与某个蛋白质之间是否存在相互作用，用于分离编码结合与特定顺式调控元件或其他DNA位点的功能蛋白编码基因，验证反式转录调控因子的DNA结合结构域，准确定位蛋白质参与特定蛋白质结合的核苷酸序列。