栉水母动物与腔肠动物相似的特征，如：
两侧辐射对称，与珊瑚纲相似；身体分内外两胚层和中胶层；体壁和消化循环腔与钵水母相似，有分枝的辐管。
它又有许多特有的特点：
体表有8行栉带，上有栉板和纤毛；无刺细胞，而有大量的粘细胞；神经系统趋于集中，形成8条辐射神经索；胚胎发育中有原始的中胚层细胞，发育成肌纤维。
因此一般认为：栉水母动物与腔肠动物的钵水母亲缘关系接近，但较腔肠动物略为高等。或独立于腔肠动物进化而来是一个独特的类群。