根据胚胎发育中胚层的形成发展，将三胚层多细胞动物分为：原口动物、后口动物。
原口动物：原口成为成体的口——扁形动物、纽形动物、线形动物、环节动物、软体动物、节肢动物等。后口动物：原口成为成体的肛门（或者封闭），成体的口是在胚孔相当距离之外重新形成——棘皮动物、半索动物、所有的脊索动物。