“实质等同”原则即在评价方法和安全性的可接受水平上应与传统对等物保持一致。有以下几个基本点：
（1）如果某一转基因食品与传统食品具有实质等同，那么考虑更多的安全和营养方面的问题就没有意义，可以认为是等同安全的；
（2）如果某一转基因食品在化学成分、组织结构和生物学特性方面没能确定为实质等同，那么安全性评价的重点应放在有差别的项目上，应当认真考虑和设计研究方案，参考该食品的有关特征逐一进行安全性评价；
（3）如果某一转基因食品没有相对应的或类似的传统食品与之相比较，那么就应根据其自身的成分和特征性进行全面的卫生和营养评价。

转基因生物的安全问题主要涉及两个方面：
①对生态环境的安全；
②转基因食品对人体和动物的食用安全性。

①经常食用含抗生素残留的畜肉可使人产生耐药性，影响药物治疗效果；
②对抗生素过敏的人群具有潜在的危险性。