统计违法案件的查处程序，是指国家统计局及其派出的调查对和县级以上地方人民政府统计机构，在调查处理统计违法案件时所应遵循的先后次序和基本步骤。根据《统计执法检查规定》第二十五条的规定，查处统计违法案件的程序一般为：立案、调查、处理和结案。
（一）立案
立案是指统计行政机关对涉及统计违法行为人的有关材料进行审查、分析和研究，认为确有违法事实存在并依法需要追究法律责任的，决定进行调查处理，并办理批准手续的一种工作程序。
它包括两个工作阶段：
一是立案前的初步审查，
二是正式立案。
初步审查，是指统计执法检查机构按照有关规定接受涉及统计违法的线索和材料。并对其可靠性和真实程度进行审核、处理的活动。统计违法案件从《立案审批表》批准之日起即为正式立案。统计行政机关就要按照案件的查处程序进行查处。对已决定立案的统计违法案件，不能随意销案。如果销案，必须提出可靠的事实材料和所依据法律、法规，并说明销案的理由，报请原审批立案的机关批准。
（二）调查
调查是指统计行政机关为了查明案件事实，依法进行调查询问和收集证据的活动。在这一阶段中，统计行政机关要通过调查、取证工作，掌握大量证据，查清统计违法行为的事实，进而确定违法责任人。可见，调查是统计违法案件查处工作的一个关键环节，直接决定着对案件的定性及其处理工作。调查阶段的工作包括：调查取证；运用证据，综合分析案情，准确定性；撰写调查报告。
（三）处理
处理，是指案件调查工作结束后，统计执法机关在核准案件事实审查有关证据的基础上，以事实为根据，以法律为准绳，对案件做出处理决定并依法追究法律责任的活动。
统计违法案件的处理程序包括两个环节：
一是统计执法检查机构对调查终结案件，在做出处理决定之前进行，提出处理意见；
二是统计行政机关对违法案件做出处理决定。
（四）结案
案件经过调查，依法做出的处理决定得到完全的执行以后，案件的处理工作才能结束。结案是整个统计违法案件查处工作的最后一个环节。统计执法检查机构必须善始善终地做好这项工作，并按规定办理好立卷、归档、备案等事项。