（1）效益形成受自然因素影响，从而风险性大。农业生产过程受自然条件尤其是气候因素影响较大，特别是在现阶段，我国农业基础还比较薄弱、物质技术装备还比较差的情况下更是如此。一般来说，自然条件好的年份，土地肥力高的地区农业产出就多，产品成本也就较低，相对的农业的经营效益就比较好；而自然条件差的年份、土地肥力低的地区农产出就少，产品成本也就较高，相对的农业经营效益就比较差。所以考核农业的经营成果即效益形成时，必须考虑自然因素还有地理位置等的差别对农业经营效益的影响。
（2）效益形成周期长，产品种类复杂。由于农业生产的周期长，少则几月，多则几年，其效益形成一般也是要在一个农业生产周期结束时才能完成。农业基建投资如水利设施、土地平整、改良土壤等投资，其效益可以维持多年；农业中像林果业生产，效益形成要多年；另外农作物生产中又有不同的耕作方式，农作物的生产同时与劳动时间的不一致等，都造成农业效益形成显示出一定的复杂性。
（3）农业生产对市场反应慢，适应性差。价格是市场供求关系的集中反映，是农民调整生产结构的重要信号，但由于农产品生产周期长，受自然条件影响大，所以在调整结构上总显得滞后性比较强，对市场变化的适应能力很弱。这一特点是与工业生产最明显的差别，工业生产受自然条件影响小，只要价格合算，企业又具备生产条件，就可以随时转产，很快适应市场需求。这个特点也是导致农业效益低下的一个方面。
（4）效益项目繁杂、分散。与工业生产相比，农业生产常常是一业为主，多种经营，植物、动物、徽生物等生产相互结合。改革开放以后，更是农林牧渔多业并举，而且在其效益形成过程中，有的生产项目投资见效比较慢，像林果业在投资相当长的时间内才能显出效果，因此其效益形成时间长；有的生产项目投资见效比较快，像一些农产品加工业，甚至当年就可以见效。这就造成生产效益的形成既分散，又复杂。