组织单位和组账户都是活动目录对象，都是基于管理的目的而创建的。
但是，组账户中能够包含的对象类型比较有限，通常只能包含用户账户和组账户；而组织单位中不仅可以包含用户账户、组账户，还可以包含计算机账户、打印机、共享文件夹等其他活动目录对象，所以组织单位中可以管理的活动目录资源更多，所起的作用也更大。
另一方面，创建组账户的目的主要是为用户账户分配资源访问权限，但是管理员不能直接对组账户指定管理策略，也就是不能直接控制组账户中各对象的更复杂行为。但是对于组织单位而言，管理员可以直接对其指定各种管理策略（组策略），从而对组织单位中各对象的行为进行精确控制。
此外，当删除一个组账户时，其所包含的用户账户并不会随之删除。而当删除一个组织单位时，其所包含的所有活动目录对象都将随之删除。