微生物肥料是指应用于农业生产中，能够获得特定微生物效应的，含有特定微生物活体的制品。以微生物的生命活动及其产物来改善作物的营养条件，促进作物吸收营养，刺激作物生长发育，增强作物抗病、抗逆能力，提高作物产量，改者善农产品品质；改良土壤，提高土壤肥力，净化土壤，减少环境污染，是生产无公害农产品最理想的肥料。
其使用方法是：
（1）微生物肥不是速效性肥料微生物肥不一定是速效性的肥料，就其效果而言，单纯的微生物肥的效果是非常慢的。常用的不少微生物肥，主要是复合微生物肥料。这种肥料的优点是作用全面，既能改善作物营养，又能捉生长，抗病，还能增强土壤生物活性，做到了各菌种之间相互促进，有机、无机与微生物相互促进，因而肥效持久，增产效果好，是今后生物肥料发展的方向。
（2）微生物肥不一定是冲施肥目前市场上的微生物肥都以冲施肥为主，其实，微生物菌肥并不单纯是冲施肥。它也有叶面喷洒的，也有作为基肥或育苗肥施用的。