随着农业结构调整和农业增长方式的变化，农业发展对资金和技术的依赖程度越来越高，农民生产经营、农业企业产业化发展需要大量的资金投入。农业资金投入的一个重要来源是农村金融机构的支农资金。然而，农村金融机构服务农业的功能很差，特别是资金供给严重缺位，造成农村经济发展的资金“瓶颈”。
（一）农村信用社体制存在诸多问题
从建国初期开始，农村信用社就是我国金融体系的重要组成部分，也是农村金融的重要内容。但是，由于历史上的政治、经济等多重因素的影响，农村信用社为农业、农民和农村经济服务等功能并没有发挥出来。当前农村信用社在产权制度、管理体制、风险防范等方面还存在诸多问题，严重制约了农村信用社服务“三农”作用的发挥，仍需要不断改革。
1.产权关系不明确。农村信用社的产权不清晰是农村信用社发展中存在的主要问题之一，也是制约其发展的根本原因。农村信用社在法律上属于集体所有，即为全体社员共同所有，但其产权制度以及相应的法律关系却是模糊的，甚至是矛盾的。
2.农村信用社处于合作金融和商业金融的两难境地。从本质上看，农村信用社是合作金融组织，只能向社员提供互助金融服务，不得向非社员提供服务。但是农村信用社吸收了大量非社员存款，远远超过社员资金需求，完全立足于社员、农业、农村根本无法保证大量非社员存款的利息支出。这就迫使农村信用社的经营向非农产业和商业性金融转移，把资金的投放重点放在工商企业，合作金融的特征越来越不明显。另外，农村信用社在资金实力、人员素质、风险防范手段等方面的欠缺，以及国家对农村信用社开展商业性金融的限制，使其很难有效开展商业性金融服务，从而造成农村信用社形成了大量不良贷款。
3.农村信用社部分业务受地域限制。农村经济发展大都突破了地域界限，面向全国乃至世界市场，而农村信用社是地方性互助金融，其经营业务受地域限制，已不能适应农村经济发展。如果不允许在农村信用社开设存款基本账户，不允许农村信用社跨地区调剂资金，不允许建立跨地区结算网络，那么农村信用社资金的融通则增加了许多环节，导致资金流动不畅，直接造成部分资金闲置，制约了经济的发展。
4.国家对农村信用社的扶持力度不够。农村信用社属地方性金融机构，许多由政策性原因形成的历史问题只能由自己来解决，而国有商业银行的同类亏损则有国家财政加以消化。
（二）中国农业银行功能弱化
中国农业银行出于集约化经营和运营成本的考虑，企业化行为日益突出。在利益驱动下，中国农业银行经营战略进行调整，在农村地区撤并机构，在乡镇的经营网点减少。在这一过程中，贷款向优质客户、大客户倾斜的同时，逐渐远离了农村中小客户，中国农业银行对农村经济的支持作用日渐减弱，资金支持不断减少。
（三）中国农业发展银行功能欠缺
作为农村唯一的政策性银行，中国农业发展银行承担的政策性金融业务范围狭窄，功能单一。其业务重点是保证粮棉油购销按保护价和非保护价收购粮棉油的资金需求。因此，在目前的经营范围内，农业发展银行的政策性业务发展空间有限，仅仅在农产品收购方面发挥着政策性金融组织的作用，其业务功能单一。农业发展银行的资金运用效率不高。
（四）农业保险发展缓慢，不适应农业发展的需要
作为一个农业大国，我国农业正处由传统农业向现代农业转变的阶段。农业是最容易受到自然灾害影响的产业，我国每年都有大面积的农作物受灾。而农民自身救助能力很弱，需要外部力量予以解决。我国对农业灾害的救助方式主要有由民政部门实施的政府农业灾害救济和由中国人民保险公司以商业方式推进的农业保险。这种补偿性措施的救助能力是有一定限度的。一是受到国家财力限制，二是不适应经济发展和结构调整对农业保险的要求，三是不利于培育农户参与保险的积极性，在很大程度上限制了农业保险事业的发展。由于缺乏相应的政府补贴等政策支持，加上比较高的赔付率，商业保险机构提供的农业保险业务极度萎缩，在一定程度上限制了农村经济的发展。
（五）邮政储蓄转移了大量农村资金
邮政网点遍布城乡各地，具有巨大的吸储空间。邮政储蓄没有发放贷款的业务，积聚到邮政的大量农村资金全部转存中国人民银行，结果造成农村中积累的资金直接流出了农村。虽然中国人民银行以对农村金融机构再贷款的方式将部分资金又返还给到农村领域，但是这样的贷款规模是很有限的，远远补偿不了农村资金的流失。
农村金融组织体系发展的结果是农村、农业和农民难以获得足够的发展资金，农村经济发展出现了恶性循环。农户和农村中小企业贷款难的问题普遍存在。一大批带动农民发家致富的产业化龙头企业和对改善农业生产、农民生活条件发挥重要作用的农业项目得不到合理的资金支持，从而制约了农业和农村经济发展，影响了农业战略性结构调整和农民收入的提高。改革农村金融体制势在必行了。