农村信用社的产权不清晰是农村信用社发展中存在的主要问题之一，也是制约其发展的根本原因。农村信用社在法律上属于集体所有，即为全体社员共同所有，但其产权制度以及相应的法律关系却是模糊的，甚至是矛盾的。主要表现在：
一是，在目前农村信用社的大量存量股本，以及上个世纪80年代末扩股后的增量股本中，相当部分是法人团体股，导致农村信用社的现实产权制度是模糊的。
二是在制度上允许社员个人入股，但在实际操作上又规定可以退股，而且实行保息分红的分配制度，这种“入股”实际上已演变为“存款”制度，社员不能拥有独立的产权，也不能与农村信用社建立稳定的利益关系。
三是绝大多数农村信用社是以1996年前的原有农村信用社为基础组建的。那么原有农村信用社的所有者权益该由谁享受或承担则很难加以界定。现有股东不愿承担亏损，也无权独享积累，无法完全独立行使所有权。
农村信用社没有严格的股份继承和转让的规定，原有股东几经变化已很难确定，他们对农村信用社行使所有权也就成为空谈。
农村信用社实行民主管理。其权力机构是社员代表大会，由本社社员组成。理事会是社员代表大会的常设执行机构，监事会是农村信用社的监督机构。但实际情况是，目前在我国的农村信用社中，即使组织机构健全，但并不按期召开会议，有时即使开了也不起什么作用。社员的民主管理权利不能得到充分发挥。