①接口的选择：最常用的两种接口技术是电喷雾电离（ESI ）和大气压化学电离（APCI ），它们有各自的优势和弱点，可以针对不同的样品、和不同的分析目的选择相应的接口。
②正负离子模式的选择：正负离子模式的选择应尽量符合信号响应大、干扰小的原则。正离子模式适合于碱性样品，负离子模式适合于酸性样品。
③流动相的选择：流动相的选择包括种类及流量大小。ESI 和APCI 分析常用的流动相为甲醇、乙晴、水和它们不同比例的混合物以及一些易挥发性的缓冲盐，如甲酸铵、乙酸铵等，还可以加入易挥发酸碱如甲酸、乙酸和氨水等调节pH 。HPLC 分析中常用的磷酸缓冲液以及一些离子对试剂如三氟乙酸等要尽量避免使用，不得已时也要尽量使用较低的浓度。
④辅助气体流量和温度的选择：ESI 和APCI 操作中温度的选择和优化主要是针对接口的干燥气体而言。
⑤基质效应的消除。