荧光显微镜是以紫外线为光源来激发生物标本中的荧光物质，产生能观察到的各种颜色荧光的一种光学显微镜。
荧光显微镜是由光源、滤色系统和光学系统等主要部件组成。荧光显微镜与普通光学显微镜主要区别在于光源和滤光片不同。通常用高压汞灯作为光源，可发出紫外线和短波长的可见光；滤光片有二组，
第一组称激发滤片，位于光源和标本之间，仅允许能激发标本产生荧光的光通过（如紫外线）；
第二组是阻断滤片，位于标本与目镜之间，可把剩余的紫外线吸收掉，只让激发出的荧光通过，这样既有利于增强反差，又可保护眼睛免受紫外线的损伤。光学系统主要有反光镜、聚光镜、目镜、物镜、照明系统等组成。
荧光显微镜可用于观察检测细胞中能与荧光染料特异结合的特殊蛋白、核酸等，其标本染色简便、荧光图像色彩鲜亮，而且敏感度较高。