采集的水样原则上要尽早检测，但从采集到检测之间有一时间间隔，要经过运输、存放等过程，在这一过程中，水样会受到多种因素的影响，使其中的某些组分发生变化而影响检测结果的真实性，水样保存的目的就是要尽可能地消除或降低这种影响。
常用的保存方法有冷藏或冷冻、密封和闭光、控制pH、加入化学试剂等方法。