一般的灌溉用水过程为：用水户向用水小组提出用水申请，填写用水申请表，用水小组核实用水户作物类型、面积后交协会汇总，协会研究制定本协会的年度用水计划，然后与供水单位签订供水合同，并向会员公布合同情况，如果用水计划有较大变化，协会应召开用水小组代表会议，并通知到每个用水户。实施灌溉时，供水单位配水到协会计量的渠道口，协会再配水到用水小组的渠道口，由用水小组配水到农户田头。
成立用水协会后，水费计收程序与传统相比发生了变化，农民将水费直接交到用水户协会或者是供水单位，用水户协会按照供水合同向供水单位缴纳水费。农户在何时缴纳水费由协会决定，协会向供水公司缴纳水费的时间在供水合同中规定。供水水价应在国家水价政策的基础上制定。目前许多地方都在实行“一票到户”，即由供水单位一票开到用水户，然后按有关合同与协会结帐。