跨流域调水一方面由于运输工程跨越众多河流需要修建大量交叉建筑物，对跨越河流引起河床演变和防洪新问题；
另一方面运输工程沿途进过一些调水工程范围内的工业和城市，可能引起对调水的污染另外调水工程沿途跨越不同自然条件的地域，可能承受这些地域对所调水体的污染。

（1）水库诱发地震
（2）岸坡失稳

（1）发展节水型农业
（2）合理利用化肥和农药
（3）加强对畜禽排泄物、乡镇企业废水及村镇生活污水的有效处理。