校长负责制是学校在上级宏观领导下，以校长全面负责为核心，同党支部保正监督、教职工民主管理有机结合，为实现学校工作目标，充分发挥行政管理功能的学校领导关系的结构体系。
中小学实行校长负责制必须处理好以下四个方面的关系：
一是党组织和行政组织的关系。党组织在学校中发挥保证监督作用》实行党政分开。
二是校长负责与民主管理的关系。建立校务委员会和教职工代表大会，在学校中起审议、咨询、监督、沟通等作用。此外.教职工也通过多种形式，参与管理学校。
三是校长与下属管理人员的关系。校长要对下授权，实行分层负责。
四是校长与领导班子的关系。在研究问题时，校长与班子成员是平等关系，但在决策指挥时，校长是主要决策者和总指挥。