合作开发合同与委托开发合同都是当事人之间就新技术、新产品、新工艺和新材料及其系统的研究开发所订立的合同，但有区别：
1、当事人之间权利义务的关系不同。合作开发合同，双方当事人享有和承担着类似的权利和义务委托开发合同，双方当事人之间的权利义务是相对的，委托人是主要义务也就是开发人的权利，而开发人的主要义务即委托人所享有的权利。
2、当事人进行研究开发工作的方式不同。合作开发合同的当事人共同参加研究开发工作，当然各方可以共同进行全部的研究开发工作，也可以约定进行分工。委托开发合同的当事人一方进行物质投资和经费投入，只有一方从事研究开发工作。
3、研究开发成果归属不同。合作开发合同，当事人订立合同的目的是相同的，即取得研究开发成果，因而研究开发取得的成果是共有的；委托开发合同研究开发成果是归委托人所有。