它的理论根据是两类精子头部DNA含量的差异，在家畜中，X精子的DNA含量比Y精子高出3％～4％。根据这一差异，准确的流式细胞分类仪可对X、Y精子进行分离。
具体方法是：先用DNA特异性染料对精子进行活体染色，然后将精子连同少量稀释液逐个通过激光束，探测器可探测精子的发光强度并把不同强弱的光信号传递给计算机，计算机指令液滴充电器使发光强度高的液滴带正电，弱的带负电，然后带电液滴通过高压电场，不同电荷的液滴在电场中被分离，进入两个不同的收集管，正电荷收集管为X精子，负电荷收集管为Y精子。用分离后的精子进行人工授精或体外受精对受精卵和后代的性别进行控制。