主要表现如下：
1，大宗水果发展过快，树种和品种结构不合理；柑橘，荔枝和龙眼等大宗果树面积大，产量多，已出现相对过剩现象，造成价格下跌，市场疲软，已严重影响了生产者的积极性，而部分种类的水果生产又不能满足市场的需求，在品种结构方面，主栽品种大多比较单一，或者品种结构搭配不尽合理，以荔枝为例，在5月30日之前和7月15日之后上市的品种不足20%而超过80%的荔枝鲜果主要集中于6月上旬至7月中旬成熟上市，形成盛产期相对集中，给销售带来巨大的压力，同时，鲜食与加工品种比例不当，使得加工企业缺乏稳定的优质原料基地。
2，管理粗放，产量低而不稳：栽培技术的进步和普及速度跟不上面积的高速扩张，因此目前我国果树栽培管理还是比较粗放，其中较为突出的有两个问题：一是果园投入严重不足；二是部分果农尚未正确掌握和运用现已总结出的丰产稳产综合栽培管理技术，结合导致产量低而不稳。
3，安全果品生产技术体系尚未建成；安全果品生产在我国才起步不久，技术体系还不健全，特别是驝对种品种区域规划，以生物防澡为主的病虫害综合防治以有营养诊断配方施肥等技术。
4，质量标准化体系建设滞后：标准化管理体系要求在环境，种苗，种植，土肥水管理，病虫防治，树冠管理，采收与采后处理，品质控制，营销以及经营管理等各个环节，都要有一套规范化的操作规程，而在制定这些标准体系方面我国明显滞后，即使标准已经制定出来，也普遍存在执行不力的问题。
5，生产整体质量低：产业化体系薄弱，组织化程度低，劳动生产率较低，导致生产的整体质量低，我国果树生产目前仍以家庭为基本的单位，规模小，集约化程度低，从生产到销售市场各环节的关联度小，很难实现产，加，贮，运，销一体化。
6，果品产后商品化处理水平低，贮运加工条件和技术落后：我国热带亚热带水果多半本身不耐贮运，再加上缺少产地的预冷库和现代化包装机械，以及冷藏运输设备，使得采后损失严重，另外，大宗水果的加工比例低，品种也不多，如大宗的荔枝和龙眼在我国的加工比例不超过10%，其中80%以上是较为低档的带壳荔枝或龙眼干，