1、选择育种：利用生物的自然突变，选留有益，淘汰有害。
2、杂交育种：在遗传基础不同的种群、品系、品种之间，制造有益的基因组合，从中选育出符合育种目标的群体（或个体）。
3、引种驯化：是水产动物育种工作中非常重要的一个手段，通过引种和驯化可以直接将其他国家或地区优良的品种引进加以利用。
4、生物技术：单倍体育种、多倍体诱导、细胞核移植、转基因技术以及分子标记。
5、性别控制：进行性别的遗传学或生理学控制是现代水产动物育种学的重要内容之一。