1、保护水域自然环境
（1）减小水利工程建设影响：水产动物栖息地的变迁、繁殖生态生境的破坏、种群数量的下降和部分种类濒危。
（2）加强水体资源调查管理：执行《环境保护法》，治理水质污染。
（3）保护流域生态环境：维持水环境的自然状态，确保水生动物的正常生活。
（4）保护水产动物产卵场所环境：防止由人为或自然因素造成水文条件的改变而引起繁殖生态生境的破坏。
2、合理捕捞
（1）制止酷捕：须坚决制止酷渔滥捕，宣传、提倡捕大留小，以利资源保护。
（2）实行禁渔区（期）：繁殖期实行禁捕；划定了常年禁渔区。
3、开展濒危水生动物保护生物学研究
加深对某些濒危种类的生物学及其濒危机制了解，采取相应的保护办法。
4、建立自然保护区
在一般区域内划定一段江段或一片湖区，开辟成自然保护区，进行群体性的就地保护。对于已经丧失原来生境的濒危鱼类，进行易地保护。
5、坚持合理引种
水域生态系统中每一个生物种都占有各自既定的生态龛。物种间相互依存、彼此制约、协同进化、相重相克。引进或消除某生物种，常引起整体调节失控，甚至使有的种成为濒危。对于引种需持十分谨慎的态度，引进外源物种前，先要调查研究，衡量利弊得失后才能付诸行动。
6、开展人工繁殖和放流
在一般区域内划定一段江段或一片湖区，开辟成自然保护区，进行群体性的就地保护。对于已经丧失原来生境的濒危鱼类，进行易地保护。
7、完善法制
贯彻《野生动物保护法》、《渔业法》；加强执法力度；向群众大力宣传，加强自然保护意识。
8、加强国际合作
中国已加人《濒危野生动植物国际贸易公约》，应积极开展物种保护研究的国际合作。在可能的情况下，开展国与国之间濒危水产动物的相互交换，双方提供有关资料，协同搞好保护工作。