农业生态系统的调控有3个层次：
（1）从自然生态系统继承的非中心式调控机制是农业生态系统的第一层调控。这个层次的调控通过生物与其环境、生物与生物的相互作用以及生物本身的遗传、生理、生化机制来实现。
（2）由直接操作农业生态系统的农民或经营者充当调控中心的人工直接调控构成第二层调控。这个层次的人直接调度系统的重要结构与功能。农业生产技术是这个层次的主要调控形式之一。
（3）农业生态系统调控机制的第三个层次是社会间接调控。这一层次通过社会的财政系统、金融系统、交通系统、通信系统行政系统、政法系统、科教系统等影响第二层次农民或经营者的决策和行动，从而间接调控农业生态系统。

农业生态系统的自然调控过程包括：
（1）程序调控；（2）随动调控；（3）最优调控；（4）稳态调控；