不同的地理位置条件，在气候、地形、土壤、水分、植被等生态因子的综合影响下，使得农业生态系统的垂直结构呈现出一系列的变化。
（1）流域位置与垂直结构。从一个流域环境的上游到下游，海拔高度、水土环境等均存在较大的差异，从而对作物的种植结构和产量产生很大的影响。河北中南部的海河流域自西至东，按其自然景观可分为山地丘陵区、山麓平原区和低平原区。山地丘陵区坡度陡，重力过程强烈，土壤水分和养分向低地流动，，形成了干旱贫瘠的生态环境，农田生产力较低；山麓平原区坡度较缓，重力作用适中，地下水潜流不畅，土壤水分、养分和盐分大量积累，土壤易发生盐渍化，限制了作物对养分和水分的吸收，从而影响作物生产力的提高；低平原区坡度最小，是土壤水分和养分流动的过渡地带，生态环境良好。
（2）地形变化与垂直结构。
a.大尺度的地形变化，如四川、云南高原独特的地貌、气候条件，随着海拔的变化，农业生态系统的结构也发生不同的变化，从而出现不同的农业发展类型。
b.小尺度的地形变化，在丘陵或一些低海拔山地，由于地貌复杂多变，从山顶到半山腰、山脚等，由于生态条件的不同，农业生态系统的水平结构也表现出不同的变化。