生态系统也是系统，因此具有系统的共性。然而，生态系统又是含有生物的系统，因此还具有区别于一般系统的特性：
（1）在组成成分方面，不仅包括各种无生命的物理、化学成分，还包括有生命的生物成分，生物群落是生态系统的核心。
（2）在空间结构方面，生态系统大多与一定的地理组成相联系，具有明显的地域特征。
（3）在时间变化方面，生态系统中的生物组分具有生长、发育、繁殖和衰亡的时间特征，使生态系统具有从简单到复杂，从低级到高级的演变发展规律。
（4）在内部功能方面，生态系统主要靠三大类群生物（生产者、大型消费者和小型消费者）协调的能量转化和物质循环过程完成。这种联结使得系统内生物之间、生物与环境之间处于一种动态平衡关系。
（5）在外部关系方面，所有自然生态系统都是开放系统，通过不断地从外界输入物质和能量，经过转化变为各种输出，从而维系着系统的有序状态。