区域协调的内容随着经济发展水平的不同而不同，当前我国区域协调中迫切需要解决的有以下几个方面的问题：
1、产业的分工与合作，为了避免在城市与周边地区展开恶性竞争，导致产业结构严重趋同和资源浪费的现象出现，需要在产业方面进行协调，即包括各城市在产业上如何进行分工合作，如何在产业政策上进行衔接以提高区域产业的整体实力等内容。
2、环境的治理与自然生态、人文资源保护，生态环境具有公共性，各个主体（城市或区域）在利用生态资源时都倾向于自身利益最大化。为了实现全社会生态环境的全面改善和建立良好的补偿机制，需要在各个主体间进行协调。而森林、湿地、生物多样性等自然资源以及历史文化资源等虽然可能只位于某局部地区，但却是整个区域的共有资源，需要共同努力进行保护。
3、基础设施建设的协调和共享，在交通和通讯联系日益发达的条件下，许多大型公共设施和基础设施的可能服务半径已经超出城市或区域的范围。而且，所有设施的建设和运营都是有一定的“规模门槛”约束的。如果允许各主体从自身利益出发，在自己的属地范围内都进行大型基础设施建设，将降低设施的利用效率，造成成本的上升和资源的极大浪费。因此需要在大型公共设施建设上进行协调，形成功能互补、共同享用的公共设施体系。此外，由于经济和社会活动的跨地界性，对于区域范围内的基础设施的整体系统运行提出了更高要求，使得各城市范围内自行规划建设的设施的衔接变得十分重要。唯如此才能大大提高设施的整体运行效率。
4、共同的行为规则和标准的制定，市场经济是法制经济，也是规则经济。只有制定一套公平公正、大家共同遵守的规则，才能界定和约束各利益主体的行为选择，保证良好的市场运行环境。目前区域协调中存在的诸多问题，如土地的“零地价”出让、污染排放、设施建设标准不一造成难以彼此衔接等，很大程度上都缘于缺乏一个明确的指导和约束各地方政府的行为标准和准则，而这是区域协调机构的最重要职能。
5、区域整体形象塑造与创新网络构建，经济全球化形势下，国家之间的竞争反映为各国核心城市的竞争，也表现为区域之间的竞争。要增强区域的整体竞争力，需要各个城市结成同盟，以一个整体参与对外合作交流和竞争，同时也需要以一个整体进行宣传和推介自己。塑造区域的整体形象，既是提高区域的影响力，也是增强区域内各城市的吸引力和竞争力的重要手段和内容。此外，影响区域竞争力提高的关键因素在于区域持续的创新能力的培育，而这依赖于一个高效的区域创新网络的构建而不能单靠个别城市的发展。区域的整体创新能力的培育取决于区域的创新意识和进取精神，最终是建立在整个区域的文化建设和人文精神造就的基础上，这是培育区域长久竞争力的关键所在。