①当废水中存在悬浮物质与油类物质时，会堵塞树脂孔隙，降低树脂交换能力，因此这些物质含量较多时应进行预处理，预处理的方法有沉淀、过滤、吸附等。
②当废水中溶解盐含量过高时，将会大大缩短树脂工作周期。当溶解盐含量大于1000～2000mg／L时，不宜采用离子交换法处理。
③高价离子的影响
废水中Fe³⁺、Al³⁺、Cr³⁺等高价金属离子可能导致树脂中毒。从前述树脂的选择性可看出，高价金属离子易为树脂吸附，再生时难于把它洗脱下来，结果会降低树脂的交换能力。恢复树脂的交换能力需要用高浓度酸液长时间浸泡。为了减少树脂中毒，可对废水进行预处理，以便去除这些高价的金属离子。
④氧化剂的影响
如果废水中含有较多氧化剂（如Cl₂、O₂、H₂Cr₂O₇等），会使树脂氧化分解。在对这类废水进行离子交换处理时，可添加适量的还原剂或选用特殊结构的树脂（如交联度较大的树脂）。
⑤高分子有机物的影响
废水中某些高分子有机物与树脂活性基团的固定离子结合力很强，一旦结合就很难再生，结果降低树脂的再生率和交换能力。例如高分子有机酸与强碱性季胺基团的结合力就很大，难于洗脱。为了减少树脂的有机污染，可选用低交联度的树脂或者废水进行交换处理前的预处理。
⑥pH值的影响
强酸和强碱离子交换树脂的活性基团的电离能力很强，交换能力基本上与pH无关。但弱酸树脂在低pH时不电离或部分电离，因此在碱性条件下，才能得到较大的交换能力。弱碱性树脂在酸性溶液中才能得到较大的交换能力。螯合树脂对金属的结合与pH有很大关系，对每种金属都有适宜的pH。另外，pH还能影响某些离子在废水中的存在状态（或形成络合离子或胶体）。例如含铬废水当pH很高时，六价铬主要以铬酸根（CrO₄^2-）形态存在，而在pH低的条件下，则以重铬酸根（Cr₂O₇）形态存在。因此，用阴树脂去除六价铬时，在酸性废水中比在碱性废水中的去除效率高，因为同样交换一个二价络合阴离子，Cr₂O₇ 比CrO₄^2-多一个铬离子。因此在进行离子交换处理前，应该将废水的pH调节到最佳条件。
⑦温度的影响
水的温度较高，可提高离子扩散速度，加速离子交换反应速度，但温度过高，就可能引起树脂的分解，从而降低或破坏树脂的交换能力。水温不得超过树脂耐热性能的要求。各种类型树脂的耐热性能或极限允许温度是不同的，可查阅有关资料或产品说明书。若水温度过高，应在进入交换树脂柱之前采取降温措施，或者选用耐高温的树脂。