经过长期的教育实践，我国教育科学研究方法已初步形成一套体系，但是应该看到，其中不少方法是从其它学科移植而来的。尽管这是必要的，但却缺乏自身的规范和标准，特别是研究方法的理论基础薄弱。从研究方法的科学性、理论的解释能力和预测能力看，都存在很大差距，因而也就难以很好地指导教育研究实践。当前在教育科学研究的实际中，存在这样几个问题：
（1）重思辨分析，忽视对教育实践的研究，不重视搞典型实验；而在思辨分析中，又往往把教育问题套入某种既定的公式，或者以一定结论为前提，通过推论得出结论；或者从某种固有的经典模式理论出发，到实际中找例证。其结果，由于未深入地研究教育实践，缺乏对教育活动规律的深刻揭示而使教育理论显得十分贫乏。
（2）在进行教育研究时，往往采取直线式、绝对化的、形而上学的思维方式。建国以来，教育领域内的学术研究有不少经验教训，其中一个问题是没有很好地坚持以唯物辩证法作指导，要么肯定一切，要么否定一切，在纠正某一种片面时又出现另一种片面。
（3）对丰富的教育实践经验，缺乏理论的概括总结。我国广大教育工作者，在教育第一线勇于开拓，积极改革，取得了显著成效，创造了极其丰富生动的经验，这是我们发展教育科学的重要基础。可是由于不善于把实践问题提炼成科学研究问题进而转化成理论课题，导致研究成果停留在一般经验总结和感性认识阶段。
（4）对外国教育理论及学派观点鉴别、批判不够。由于不能很好地用马克思主义立场、观点和方法去研究分析当代西方的学术理论思潮，往往走两个极端。或者因循守旧，拒绝接受，一概排斥，或者不加分析，全盘照搬，奉为经典。