秘书部门，主房事-掌管文书的收发，登记。哲宗元佑年间改称开拆房。
点检房-掌点检各房的文书工作，由中书舍人统领。
催驱房-掌督促，催办各房的文书。
班薄房-掌管百官的名册以及有关官员基本情况的文件。
制敕库房-掌收受制诏，保管并编录成册，并负责架阁库的管理。
五案划分：上案-负责册礼和朝会事务。
下案-负责收发文书。制诰案-负责制作皇帝的制，诏等文书。
谏官案-负责处理与中央其他政府机构往来的文书。
记注案-负责记录皇帝的日常言行，起居。