（1） 对购销双方来说， 专用发票既是纳税的依据， 又扣税的凭证。即专用发票是销售方记载销项税额和购货方记载进项税额并进行税款抵扣的合法凭证，而普通发票则不具备这一功能。
（2） 增值税专用发票的特殊性还表现在它可以将一种货物从最初生产到最终消费之间的各个环节联接起来，具体体现在：按专用发票上注明的税额，逐环节征税、逐环节扣税，可以明确、清楚、简便地把税额从一个经营环节传递到下一个经营环节，直到把货物销售给最终消费者，从而将税款也逐环节地传递到最终消费者身上。增值税专用发票的特殊作用既是增值税计税原理在管理制度上的具体体现，同时也是增值税管理制度中最基本、最重要的内容，对增值税的计算和管理起着决定性作用。