M.RNA的加工修饰包括：5’端形成帽子结构、3’端加polyA、剪接除去内含子、甲基化、mRNA的编辑。
①5’-端加帽
成熟的真核生物mRNA的5’-端有m7GPPPN结构，称为甲基鸟苷帽子。
如果RNA的第1、2位核苷酸的2’-O位均甲基化（2位必需是A），成为m7G-PPPNmNm，
5’帽子的功能
M.RNA5’-端帽子结构是翻译起始所必要的，为核糖体识别mRNA提供了信号，并协助核糖体与mRNA结合使翻译从AUG开始。
帽子结构可增加mRNA的稳定性，保护mRNA免遭5’→3’核酸外切酶的攻击。
②在3’-端加尾巴
大多数真核mRNA在3’-端都有约150~200nt的Poly（A）尾巴。Poly（A）尾是转录后在核内加上的。
P.oly（A）尾巴的功能
防止核酸外切酶对mRNA信息序列的降解，起缓冲作用。
可能与mRNA从细胞核转送到细胞质有关。但是相当数量的没有polyA尾巴的mRNA如组蛋白mRNA，也能通过核膜进入细胞质。
P.oly（A）尾巴可能对真核mRNA的翻译效率具有某种作用，使mRNA较容易被核糖体辨认。
③mRNA甲基化
真核mRNA往往有甲基化位点，主要是在N6-甲基腺嘌呤（m6A）。这种甲基化修饰对翻译没有必要，可能在mRNA前体加工中起识别作用。
④mRNA前体（hnRNA）的拼接
真核生物的结构基因中具有可表达活性的外显子，也含有无表达活性的内含子（断裂基因）。
在转录时，外显子及内含子均转录到hnRNA中。核中hnRNA在核酸内切酶作用下剪切掉内含子，然后在连接酶作用下，将外显子各部分连接起来，而变为成熟的mRNA。
⑤mRNA的编辑：
在基因转录产生的mRNA分子中，进行核苷酸的缺失，插入或置换，使翻译生成的蛋白质的氨基酸组成不同于基因序列中的编码信息的现象。