药用植物资源的内在品质是利用价值的基础，需要从不同角度和不同系统进行综合性评价。
1.药用植物资源的化学品质评价 化学成分是资源利用的基础，根据植物体内一成分含量或几类成分组含量与植物组织的质量比关系，进行植物资源的品质分类、比较，并结合这一成分的主要用途，作出资源适用性和实用性价值评价。
2.药用植物资源的药用功效或药理作用的品质评价 药用植物资源药理作用具有多靶点性的特点，在选用其主要功效或药理作用方面进行评价时应适当分类，如药理学作用方面分为神经系统、消化系统、免疫系统类植物等。
3.药用植物资源药效成分的稳定性评价 药用植物体内和纯化后的晶体以及生物体内的状态，结构的稳定性会有很大差异，结果会影响其药用功效的发挥，如一些成分的见光分解。
4.药用植物资源的安全性评价 植物资源具有药效成分的前提是该成分对生物的安全性。植物资源的安全性是保证成分安全和药用安全的入口。资源的安全性应包括两点：一是植物资源无污染，二是内含物成分无毒、无致畸、突变性。